凡生長在營養(yǎng)基質(zhì)上形成絨毛狀、網(wǎng)狀或絮狀菌絲的真菌統(tǒng)稱為霉菌。霉菌在自然界分布很廣，大量存在于土壤、空氣、水和生物體內(nèi)外等處。霉菌喜偏酸性環(huán)境。大多數(shù)為好氧性微生物。多腐生，少數(shù)寄生。工業(yè)上常用的霉菌有藻狀菌綱的根霉、毛霉、犁頭霉；子囊菌綱的紅曲霉；半知茵類的曲霉、青霉等。
1，根霉(Rhizopus)
    根霉在自然界分布很廣，是一種常見的霉菌。它對環(huán)境的適應(yīng)性很強(qiáng)，生長極迅速。幼齡菌落為白色，棉絮狀。中期為灰黑色。老熟后菌絲叢中密布黑色小點(diǎn)，即孢子囊。菌絲無
橫隔，為單細(xì)胞真菌。
在培養(yǎng)基上生長時(shí)，由營養(yǎng)菌絲體產(chǎn)生弧形生長的匍匐菌絲，向四周蔓延。匍匐菌絲接觸培養(yǎng)基處，分化成一叢假根。從假根著生處向上生出直立的孢子囊柄，其頂端膨大形成圓形的囊，稱為孢子襄。裹內(nèi)生有許多孢子。成熟后的孢子囊壁破裂，釋放出孢子。
    根霉在生命活動中分泌的淀粉 酶，能將淀粉轉(zhuǎn)化為糖。因此，根霉可作為常用的糖化菌種。我國民間釀制甜酒用的小曲主要含有根霉。由于根霉能分泌豐富的淀粉 酶，而且又含有酒化酶，所以在生產(chǎn)中可邊糖化邊發(fā)酵。又因?yàn)楦干L要求的溫度較高，因而適于在高溫季節(jié)使用。
根霉的應(yīng)用十分廣泛。目前常用的菌種有米根霉、華根霉、河內(nèi)根霉和甘薯根霉。
    (1)米根霉(Rhizopus oryzae)    米根霉的最適溫度37℃，41℃時(shí)還能生長。米根霉的淀粉 酶活力極強(qiáng)，多作糖化菌使用。也具有酒精發(fā)酵能力及蛋白質(zhì)分解能力。大量存在于酒藥與酒曲中。此菌由于耐高溫，特別為在夏季生產(chǎn)豆腐乳提供了方便條件，解決了豆腐乳舊法生產(chǎn)只能在冬季進(jìn)行的困難。
    (2)華根霉(Rhizopus chinentis)    華根霉的最適溫度為30℃。當(dāng)發(fā)酵溫度達(dá)45℃時(shí)，一般還能生長。此種菌淀粉液化力強(qiáng)，有溶膠性。能產(chǎn)生酒精、芳香脂類等物質(zhì)。在酒藥與酒曲中大量存在。它是釀酒所必需的主要霉菌，也是酸性蛋白酶和豆腐乳生產(chǎn)中的主要菌種。
    2，毛霉(Mucor)
毛霉分布亦較廣，在基質(zhì)表面生成灰色、白色或黃褐色的棉絮狀菌落。菌絲不分枝，不具橫隔膜，為多核單細(xì)胞真菌。菌絲發(fā)育成熟時(shí)，頂端產(chǎn)生圓形、柱形或犁頭形囊軸，圍繞囊軸形成圓形孢子囊。孢子囊梗有不分枝、總狀分枝和假軸狀分枝三種類型。
毛霉多見于陰濕低溫處，是制曲時(shí)常見的雜菌和可利用的菌，其中常見的有魯氏毛霉(Mucor rouxianus)，它最初是在我國小曲中分離出來的。此菌能產(chǎn)生蛋白酶和淀粉 酶，有分解大豆蛋白的能力，可用來制作豆腐乳，也用于酒精的生產(chǎn)；總狀毛霉(Mucor racemosus)，我國著名的四川豆鼓即用此菌制成；高大毛霉(Mucor mucedo)，此菌分布較廣，在牲畜糞便上或白酒廠陰濕的堆積發(fā)酵物上?？梢姷?。它能產(chǎn)生脂肪酸、琥珀酸，對甾族化合物也有轉(zhuǎn)化作用。
3，犁頭霉(Absidia)
犁頭霉的菌絲和根霉很相似，但犁頭霉產(chǎn)生弓形的匍匐菌絲，并在弓形的匍匐菌絲上長出孢子梗，不與假根對生。孢子梗往往2~5支，成簇，很少單生，而且常呈輪狀或不規(guī)則的分枝。孢子囊頂生，多呈梨形。囊軸呈錐形、近球形等。孢子小而呈單孢。大多無色，無線狀條紋。接合—孢子生于匍匐菌絲上。
犁頭霉分布在土壤、糞便和酒曲中，空氣中也有它們的存在。常為生產(chǎn)的污染菌，其中有的是人畜的病原菌。
犁頭霉對甾族化合物有較強(qiáng)的轉(zhuǎn)化能力，如藍(lán)色犁頭霉(Absidia coerulea)能轉(zhuǎn)化多種甾體。
4，曲霉(Aspergillus)
曲霉菌絲有橫隔，菌絲體由多細(xì)胞菌絲所組成。營養(yǎng)菌絲匍匐生長于培養(yǎng)基表層。匍匐菌絲可以分化出厚壁的足細(xì)胞。在足細(xì)胞上生出直立的分生孢子梗，頂端膨大成頂囊，頂囊一般呈梯形、橢圓形、半球形或球形。在頂囊表面，以輻射狀生出一層或兩層小梗，稱為初生小梗和次生小梗。在小梗上著生有一串串分生袍子。分生袍子具有各種形狀、顏色和紋飾。
曲霉在發(fā)酵工業(yè)、醫(yī)藥工業(yè)、食品工業(yè)和糧食貯存等方面有著極重要的作用。幾千年來我國民間就用曲霉釀酒、制醬、制醋等，應(yīng)用十分廣泛。
（1）米曲霉(Aspergillus oryzae)  米曲霉有較強(qiáng)的蛋白質(zhì)分解能力；同時(shí)又具有糖化能力，所以很早就利用米曲霉來生產(chǎn)醬油和醬類。米曲霉在釀酒生產(chǎn)中被作為糖化菌。此外，它還是重要的蛋白酶和淀粉 酶的生產(chǎn)菌。
（2）黃曲霉(Aspergillus flavus)  培養(yǎng)溫度37℃。黃曲霉產(chǎn)生液化型淀粉 酶，并較黑曲霉強(qiáng)。蛋白質(zhì)分解能力次于米曲霉。黃曲霉能分解DNA，產(chǎn)生5’-脫氧胞苷酸、5’-脫氧腺苷酸、5’—脫氧鳥苷酸和5’—脫氧胸腺嘧啶核苷酸。
黃曲霉中有些菌能產(chǎn)生黃曲霉毒素，引起家畜家禽中毒，以至死亡。這種黃曲霉毒素也是致癌物質(zhì)。我國有關(guān)部門對使用過的黃曲霉進(jìn)行過產(chǎn)毒試驗(yàn)。為了防止污染食品，保障人民身體健康，現(xiàn)已停止使用會產(chǎn)生黃曲霉毒素的菌種，改用不產(chǎn)毒素的菌種。
黃曲霉與米曲霉極為相似，容易混淆。因而除了觀察菌落個(gè)體特征外，還要結(jié)合生理特性加以區(qū)別。米曲霉在含0.05％茴香醛的察氏培養(yǎng)基上，分生孢子呈現(xiàn)紅色，而黃曲霉則無此反應(yīng)。
(3)黑曲霉（Aspergillus niger）  黑曲霉具有多種活性強(qiáng)大的酶系，如淀粉 酶、蛋白酶、果膠酶、纖維素酶和葡萄糖氧化酶等。還能產(chǎn)生多種有機(jī)酸，如抗壞血酸、檸檬酸、葡萄糖酸和沒食子酸等，所以在工業(yè)上被廣泛應(yīng)用，是生產(chǎn)檸檬酸和葡萄糖酸的重要菌種。黑曲霉群中還包括有烏沙米曲霉(又名字佐美曲霉)、鄔氏曲霉、適于甘薯原料的甘薯曲霉，以及由烏沙米曲霉變異而來的白曲霉。一些白曲霉中較優(yōu)良的菌種不僅能分泌較豐富的淀粉 酶、果膠酶和纖維素酶，而且酶系較純，酶活力較強(qiáng)，同時(shí)又較耐粗放培養(yǎng)。因此，為目前北方酒精廠及白酒廠所廣泛采用。
(4)棲土曲霉(Aspergillus terricola)  培養(yǎng)溫度為32~34℃，含有較豐富的蛋白酶，為蛋白酶生產(chǎn)菌種。AS3．942為中性蛋白酶生產(chǎn)菌。
5，青霉(Penicillium)
青霉的菌絲與曲霉相似，有分隔，但無足細(xì)胞。其分生孢子梗的頂端不膨大，無頂囊。分生孢子梗經(jīng)過多次分枝，產(chǎn)生幾輪對稱或不對稱的小梗，形如掃帚。小梗頂端產(chǎn)生成串的分生孢子。分生孢子一般為藍(lán)綠色或灰綠色。
青霉的孢子耐熱性較強(qiáng)，菌體繁殖溫度較低，是制曲時(shí)常見的雜菌，對制曲危害較大。它使酒味發(fā)苦，同時(shí)對曲房等建筑物也有腐蝕作用，是釀酒上的有害菌。但有些青霉菌，不僅是生產(chǎn)青霉素的重要菌種，還被用來生產(chǎn)有機(jī)酸、維生素和酶制劑等。
(1)產(chǎn)黃青霉(Penicillium chrysogenum)  產(chǎn)黃青霉能產(chǎn)生多種酶類及有機(jī)酸。在工業(yè)生產(chǎn)上主要用其變種來生產(chǎn)青霉素，也能用來生產(chǎn)葡萄糖氧化酶、葡萄糖酸、檸檬酸和抗壞血酸等。
(2)桔青霉(Penicillium citrinum)  桔青霉可產(chǎn)脂肪酶、葡萄糖氧化酶和凝乳酶，有的菌系能產(chǎn)生5’—磷酸二酯酶，可用來分解核酸，生產(chǎn)5’—核苷酸。此菌分布普遍，在霉腐材料和貯存糧食上常發(fā)現(xiàn)生長。會引起病變，并具有毒性。
此外還有婁地青霉，具有分解油脂和蛋白質(zhì)的能力，可用于制造干酪。其菌絲含有多種氨基酸。其孢子能將甘油三酸氧化為甲基酮。展開青霉主要用于生產(chǎn)灰黃霉素。
6，木霉(Trichoderma)
木霉的菌絲生長初期為白色。菌絲在培養(yǎng)基上生長成平坦菌落。菌落生長迅速，棉絮狀或致密層束狀，表面有不同程度的綠色。菌絲透明，有隔，分枝繁雜。分生孢子梗為菌絲的短側(cè)枝，上有對生或互生分枝。在分枝上又可連續(xù)分技。分枝末端為小梗，小梗上可生出瓶狀、束狀、對生、互生或單生等不同的分生孢子。依靠粘液，分生孢子在小梗上聚成球形或近球形的孢子頭。分生孢子有球形、橢圓形、倒卵形等。壁光滑或粗糙，透明或亮綠色。
木霉在土壤中分布很廣，在木材及其它物品上亦常能找到。有些菌株能分解纖維素和木質(zhì)素等復(fù)雜的有機(jī)物。若能利用這一特性，以纖維素來代替淀粉原料進(jìn)行發(fā)酵生產(chǎn)，這對國民經(jīng)濟(jì)將有十分重要的意義。但木霉也常造成蔬菜、谷物和大型真菌等的霉變，使木材、皮革及其它纖維性材料霉?fàn)€，給生產(chǎn)和生活造成一定危害。
7，紫紅曲霉(Monascus purpureus)
紫紅曲霉是紅曲霉屬的一種。個(gè)體形態(tài)為菌絲具有不規(guī)則的分枝。細(xì)胞內(nèi)多核，含有橙紅色的顆粒。直徑3~7μm。菌絲和分枝頂端產(chǎn)生分生孢子，單生或成短鏈。分生孢子子呈球形或犁形。有性生殖時(shí)，在長短不一的梗上產(chǎn)生單一的原閉囊殼(子囊果)。漸漸成熟后，成為橙紅色的閉囊殼，直徑約為25~75μm，閉囊殼內(nèi)含有十多個(gè)球形子囊。每個(gè)子囊內(nèi)。又有8個(gè)光滑的卵圓形、無色或淡紅色的子囊孢子，大小一般是5~6.5×3.5~5μm。紫紅曲霉在麥芽汁瓊脂培養(yǎng)基上生長良好。菌絲體最初為白色，逐漸蔓延成膜狀。老熟后菌落表面有皺拆和氣生菌絲，呈紫紅色。茵落背面也有同樣的顏色。
紫紅曲霉喜酸性環(huán)境，生長最適pH3.5~5，但即使在pH 2.5時(shí)也能生存。生長最適溫度為32~35℃，有時(shí)達(dá)40℃也能生長。對于酒精有極強(qiáng)的抵抗力。
紫紅曲霉在我國民間早有利用，主要用作食品及飲料的著色劑，用紅曲配制紅酒、玫瑰醋、紅腐乳，以及其它食品。此外用它制成的紅曲又可以作中藥，有消食活血、健脾胃的功、能。近年來，紫紅曲霉還被用來生產(chǎn)糖化酶等酶制劑。
8，產(chǎn)黃頭孢霉(Cephalosporium chrysogen)
菌絲分枝，有隔，纖細(xì)，寬l~1.2μm，淺黃色；分生抱子梗短，不分枝，無隔，微黃色；很少產(chǎn)生孢子。在秈米飯培養(yǎng)基上培養(yǎng)半月，可產(chǎn)生大量的不正常的孢子，形態(tài)多樣，單細(xì)胞或有一隔，直或彎曲，5~12×2~4.2μm。孢子梗常叢集成類菌核狀成類分生抱梗座結(jié)構(gòu)。這種孢子壁較厚，可達(dá)0.5μm，可像分生孢子一樣萌發(fā)繁殖。本種產(chǎn)頭孢菌素N及頭孢菌素C，與青霉素一樣同屬β-內(nèi)酰胺抗 生素，毒性極低，其衍生物稱為先鋒霉素。